La paradoja de Josefo empieza con el relato de la fuga de José Libardo y Trujillo, cuando llevaban ya casi 10 años secuestrados. Dicha fuga está llena de sucesos que, si bien fueron hechos reales, parecen fantásticos debido a ciertos sucesos “milagrosos” que los protagonistas vivieron una vez se escaparon del campamento guerrillero.
Los personajes discuten sobre las causas que dieron origen a la formación de las FARC-EP como grupo guerrillero, tocando también algunas causas de la violencia en Colombia.